براى «اِحكام» و «تشابه» تفاسير بسيارى بيان شده، که عبارتند از: آيات متشابهات آياتى است كه درباره صفات خداوند آمده است. همچنین متشابهات، آيات مربوط به احوال و اهوال روز قيامت و آخرت است. به نقل علامه طباطبایی(ره) متشابه آن است كه مجمل بوده و معنى روشنى نداشته باشد؛ متشابه مفهومى پيچيده و سر در گم دارد و محكم دليل روشن و استوار دارد؛ در متشابه، راه رسيدن به معنى بسته است؛ ولى براى محكم راه باز است؛ متشابه آن است كه بيش از يك معنی را متحمل است؛ ولى محكم بيش از يك معنی را متحمل نيست.

امام رضا(ع) در عصر خود با ديدگاه های كلامی انحرافی مواجه بودند كه بيشتر از سوی معتزله و اهل حدیث مطرح می شد. مباحث مربوط به توحید، به ویژه بحث صفات خدا، از جمله صفت عدل که ارتباط مستقیمی با موضوع جبر و اختیار داشت، از داغ ترین مباحث کلامی آن عصر بود. اهل حدیث نیز با پذيرش ظاهر آیات و روایاتی که دالّ بر تشبیه بود، خدا و صفاتش را به شکل یک انسان تصویر کرده و برای او چشم و دست و پا و ... قائل بودند. همچنین از ديگر مباحث كلامی می توان به مسأله رؤیت خدا، اثبات دست برای خدا و بخشوده نشدن گناهان کبیره اشاره كرد.

ایشان در خطبه اول نهج البلاغه به 14 نکته در مورد جامعیّت قرآن و ویژگیهاى آن اشاره مى فرماید. از جمله اینکه: قرآن بیان کننده حلال و حرام، واجب و مستحب، احکام نسخ شده، مباح و ممنوع، احکام خاص و احکام عام، پندها و اندرزها. احکام مقید و مطلق، معین کننده متشابهات از محکمات و ... می باشد.

امتیازات «تفسیر موضوعی» عبارت اند از: 1- رفع ابهام هايى كه در بدو نظر در بعضى از آيات به چشم مى خورد. 2- به دست آوردن يك تفسير جامع درباره موضوعات خاص قرآنی. 3- آگاهى از شرايط، خصوصيات، علل و نتايج موضوعات و مسائل مختلف قرآن. 4- به دست آوردن اسرار و پيام هاى تازه قرآن از طريق انضمام آيات به يكديگر.