يكى از مهمترين جريانهاى عقيدتى در دوران امام هادى(ع)، كشمكش شديد بر سر مخلوق بودن يا مخلوق نبودن قرآن است. معتزله که عقل گرای محض بودند قائل به مخلوقیت آن و اشاعره و اهل حدیث قائل به قدیم بودن آن بودند. این بحث از اواخر حكومت بنى اميه توسط «جَعْد بن درهم»، معلم «مروان بن محمد» آغاز گرديد، تا آنكه «مأمون» آتش اختلاف را شعله ورتر كرد و کار به جايى رسيد كه زندانها پر از مخالفان نظریه خلق قرآن گرديد. ولی «متوكل عباسى»، جانب اهل حديث را گرفت و به «محنه القرآن» خاتمه داد.

ائمه(ع) با کشیدن خطّ بطلان بر افكار انحرافى، انديشه درست را مشخص مى كردند و با تبيين موضع اصولى و هدايت گرانه خود، مسلمانان را از وارد شدن در بحث و جدال بيهوده در ماجرای «خلق قرآن» بر حذر مى داشتند.