تفکر و اندیشه «اومانیسم» دارای اشکالاتی است. مانند: تناقض در اندیشه و عمل. در واقع وجود فاصله عمیق میان «اومانیسم» به عنوان یک جنبش فکری و آنچه در مرحله عمل در تاریخ حاکمیت «اومانیسم» روی داده، یکی از نقدهای اساسی این جنبش است. از سویی بی دلیل بودن مبانی و ادعاهای «اومانیسم»، یکی دیگر از ضعف های «اومانیسم» است. از سوی دیگر «اومانیسم» گرفتار طبیعت گرایی شده و  انسان را در ردیف حیوانات می داند. همچنین آزادی و عنان گسیختگی و تساهل و تسامح از دیگر اشکالات تفکر «اومانیسم» است.