پیشرفت علوم طبیعی در غرب با برخورد و مخالفت کلیسا و رهبران آن روبرو شد؛ زیرا کلیسا این پیشرفت و بیداری را مانع تعلیمات خرافی و قدرت خود می دانست بنابراین این برخورد کلیسا باعث شد تا دانشمندان خیال کنند که مذهب باعث عقب ماندگی علمی و فکری و خشونت و کشتار و در کل مزاحم آزادی فکری و رفاه مادی و اقتصادی و ... شده است؛ ولی اگر این دانشمندان با مذهبی مثل اسلام برخورد مي كردند که دعوت به فکر و اندیشه می کند و آن را عبادت می شمارد قطعاً برداشت دیگری از دین داشتند.