قرآن درباره «اهل كتاب» مي فرمايد: «با كسانى از اهل كتاب كه نه ايمان به خدا و نه به روز جزا دارند و نه آنچه را خدا و رسولش تحريم كرده حرام مى شمرند، و نه آيين حق را مى پذيرند پيكار كنيد تا زمانى كه «جزيه» را به دست خود با خضوع و تسليم بپردازند». علت لحن شديد آيه به خاطر آن است كه اهل كتاب به خصوص «يهود» موضع بسيار سختى در برابر اسلام داشتند و در جنگ احزاب و پاره اى از جنگ ها با ديگر دشمنان هم آواز شدند و در برابر مسلمين ايستادند و توطئه قتل پيامبر(ص) را چيدند و براى مشركان جاسوسى كردند.

گفته شده آیه تبلیغ درباره واقعه ای در جنگ بنی انمار است. پاسخ: اولا: این قول در میان مورخین و مفسرین غریب شمرده شده. ثانیا: در نقل جزئیات آن توسط راویان مختلف، تفاوت هایی وجود دارد که به اعتبار آن آسیب می زند. ثالثا: متن آیه درباره ضمانت حفظ جان پیامبر به خاطر ابلاغ پیامی خاص است نه به صورت کلی. رابعا: توطئه قتل پیامبر چیز جدیدی نبوده تا آیه ای آن هم در اواخر دوران بعثت نازل شود. خامسا: چنین جریانی با تمام روایات شیعه و اهل سنت که در آنها نگرانی پیامبر از تبلیغ دستوری بوده منافات دارد.

آيه 40 سوره توبه، اشاره به پناه بردن پيامبر(ص) به غار«ثَوْر» در هنگام هجرت به مدينه دارد و از وحشت ابوبکر، اطمينان نبي و دلداري ایشان به همسفرش و امداد غيبي و در نهايت اعتلاي اهداف الهي سخن می گوید. علی رقم تلاش بعضي مفسران اهل سنت در مدح ابوبکر  با توسل به این آیه، کلمه«صاحِب» فضيلتي براي وي به همراه ندارد و محوريت آيه تنها بر يارى خداوند نسبت به پيامبر(ص) حتي در صورت عدم همراهي دیگران می باشد.