در زمان امام باقر(ع) شيعيان زيدي معتقد به قيام با شمشير بودند؛ اما به جاي رفتن به سراغ ائمه(ع) به دنبال شخص علوی صاحب شمشير رفتند و همين امر باعث شكست شان شد. با اينكه آنها در فقه پيرو «ابوحنیفه» و در کلام پیرو معتزله بودند؛ اما فعالیت های علمی امامان شیعه، به ویژه امام باقر(ع) و امام صادق(ع) سبب پیدایش مکتبی با فرهنگ غنی شد. در اين دوران، حکام اموی به خصوص «هشام بن عبدالملك» نسبت به اهل بیت(ع) سختگیری بسياری می ‌کردند و اين به آن خاطر بود كه ايشان ادعای امامت و زعامت دینی- سیاسی داشتند.

موقعیت علمی امام باقر(ع) به عنوان نماینده علوم اهل بیت، بسیاری را وا‌داشت تا از محضر او بهره گرفته و حل اشکالات علمی خود را از او بطلبند. لذا این شهرت علاوه بر حجاز در عراق و خراسان نیز فراگیر شده بود. گستردگی روایات امام باقر(ع) در زمینه های فقه، اعتقادات و ... سبب شد تا محدثان اهل سنت مانند «ابوحنيفه» از ايشان نقل حدیث نمایند. از سویی در میان ائمه(ع) پس از امام علي(ع)، سند بخش عمده ای از روایات به امام باقر(ع) و صادق(ع) بر می گردد؛ زیرا این دو امام بیش از امامان دیگر فرصت نشر علوم آل محمد(ص) را پیدا کردند.