در قضيه حسن بن مثله جمكرانى آمده است: «حضرت مهدي(عج) فرمود: ... در اين مكان هفت روز اقامت كن و در آن چهار ركعت نماز بجاى آور، دو ركعت نماز تحيت مسجد ... و دو ركعت نيز به نيت نماز صاحب الزمان ... آن گاه فرمود: بر تو باد به مواظبت بر اين نماز. هر كس در اين مسجد حاضر شود و اين نماز را به جاى آورد مثل آن است كه در بيت العتيق [کعبه] نماز گزارده است».

مستند و مبنای ساخت «مسجد مقدس جمكران» مربوط به قضيه اى است که در آن «حسن بن مثله جمكرانى» در سال 293 هجرى طي ملاقاتى با امام زمان(عج) و به دستور حضرت، با «سيد ابى الحسن الرضا» که از علماى قم بود ارتباط پيدا كرده و با كمك او مسجدى را در اين مكان بنا مي كند و بنا به روايت امام علي(ع)، پرچم امام زمان(عج) از جمکران به اهتزار در می آید.