مستند و مبنای ساخت «مسجد مقدس جمكران» مربوط به قضيه اى است که در آن «حسن بن مثله جمكرانى» در سال 293 هجرى طي ملاقاتى با امام زمان(عج) و به دستور حضرت، با «سيد ابى الحسن الرضا» که از علماى قم بود ارتباط پيدا كرده و با كمك او مسجدى را در اين مكان بنا مي كند و بنا به روايت امام علي(ع)، پرچم امام زمان(عج) از جمکران به اهتزار در می آید.