امام باقر(ع) آثار مهمی در فرهنگ و دانش اسلامی شيعی از خود به يادگار گذاشته است. بخش زيادی از مسانید فقهی و تفسیری شیعه، اخبار تاریخی در مورد انبیا، امیر المؤمنین(ع) و جنگ صفین، از ايشان نقل شده است. روايات اخلاقی، روایات فقهی در احکام و مناسک حج، و اخبار بسیاری در تفسیر قرآن از ايشان به ما رسيده است. همچنین امام باقر(ع) در موضوعات کلامی نیز روایاتی را از امام علی(ع) در مسائل مربوط به توحید و صفات خداوند نقل کرده‌ است.