در آغازین روزهای خلافت امام علی(ع)، نخستین جنگ داخلی مسلمانان اتفاق افتاد و جنگ جمل، با تحریک گروهی پیمان شکن، و به رهبری طلحه، زبیر و عایشه به وقوع پیوست. آنان با لشكری عازم بصره شدند. امام علی(ع) نیز با سپاهی عازم بصره شد. با آغاز جنگ از سوي دشمن، طلحه بدست مروان كشته شد و زبير هم كناره گرفت، و سرانجام دشمن شكست خورد. امام دستور دادند فراریان را تعقیب نکرده و اسرا و مجروحین را نکشند. در پایان جنگ حضرت(ع) افرادی چون مروان و فرزندان عثمان را آزاد کرد و عايشه را نيز با احترام به مدينه فرستاد.

امام علی(ع) درباره علّت نیامدن «بسم الله» در آغاز سوره «توبه» می فرماید: «بسم الله الرحمن الرحيم در آغاز سوره برائت نازل نشده، زيرا بسم الله براى امان و رحمت است و سوره برائت براى رفع امان از كفّار پيمان شكن نازل شده و شمشير در آن نهفته است». جمعى از مفسران عقيده دارند كه اين سوره دنباله سوره «انفال» است و به همين دليل «بسم الله» در ميان این دو سوره ذكر نشده است. این معنا مورد تأیید روایتی از امام صادق(ع) نیز هست.

امام حسین(ع) بعداز شهادت مسلم، اعلام کردند که هنوز تکلیف ما باقى مانده است. سپس به خواندن اشعاری پرداختند که مضمون شان درباره برتر بودن بهشت در مقایسه با دنیا و برتری شهادت بر مرگ بود. همچنین طبق قولی دیگر امام با نکوهش بی وفایی کوفیان، خود را سزاوارتر از هر کس برای یاری دین خدا و جهاد در او به هر قیمتی، معرفی می کند.