سوءظنّ استثنائاتى نيز دارد كه در روايات اسلامى به آن اشاره شده است؛ از جمله:

الف: هرگاه فساد در محيطى به صورت يك خوى غالب درآيد، و آلودگان غلبه پيدا كنند، حسن ظنّ در چنين شرائطى نه تنها از فضايل اخلاقى نيست، بلكه ممكن است انسان را گرفتار عواقب ناگوارى كند.

ب: در مسايل امنيّتى و اطلاعاتى كه به سرنوشت جامعه مربوط است، نمى توان با خوشبينى به هر حركتى در جامعه نگاه كرد، بلكه بايد در آنجا حسن ظنّ را كنار گذاشت.

ج: از موارد ديگرى كه سوءظنّ نه تنها جايز است، بلكه ممكن است واجب باشد، در برابر دشمنان است.

در تعدادی از آیات قرآن و ناظر به برخی حوادث مربوط به زمان حیات رسول مُکرّم اسلام (ص)، نکوهش ‌های شدیدی از سوءظنّ به خداوند متعال و مردم، ایراد شده و در مقابل به حسن ظنّ در چنین مواضعی دعوت شده است.

از ديد قرآن، بيشترين گمانهاى مردم در حق يكديگر گمان ‏هاى بد است. مردم بايد از گمانهاى بد بپرهيزند تا گرفتار سوء ظنّ خلاف واقع نشوند و به گناه نيافتند.

همچنين از تعبيرات آيات قرآن اين نكته روشن مى شود كه مسأله سوءظنّ به خداوند غالبا در مواقع بحرانى و در دل هاى افراد ضعيف الايمان پيدا مى شود.

 یعقوب(ع) به فرزندانش دستور داد که هنگام ورود به مصر، چند گروه شوند و از درب های مختلف وارد شوند تا توجه مردم به آنها جلب نشود و مورد چشم زخم قرار نگیرند، یا اینکه وارد شدن دسته جمعی آنها که افراد تنومندی بودند، شاید باعث شود که مورد سوءظن یا حسادت دیگران قرار گرفته و دستگاه حکومت به آنها مشکوک شود، و یا اشاره لطیفی به این مسئله بود که براى رسیدن به یک هدف راه های مختلف را برگزینند.

در منابع اهل سنت گفته شده که آیه افک از عایشه به عنوان یکی از همسران رسول خدا(ص) رفع اتهام اخلاقی می کند. در بعضی منابع تفسیری شیعی این زن ماریه دانسته شده است. بر هر دوی این نقل ها اشکالاتی تاریخی و اعتقادی وارد است، امّا شیعه به مضمون این آیه و در عمل به حدیثی نبوی «مَا بَغَتْ امْرَأَةُ نَبِيٍّ قَطُّ» و به اعتراف مخالفان، دامان همسران همه پیامبران، از جمله عایشه را از این اتهام پاک می داند و در عین حال صریحا اعلام می کند رفع چنین اتهامی فضیلت و عدالتی را برای عایشه در امور دیگر اثبات نمی کند و نمی تواند بر خطاهای او در مخالفت با آیه «وَقَرْنَ فِي بُيُوتِكُنَّ»؛(در خانه های خویش بمانید)، و خروج از خانه پیامبر و مخالفت باحضرت علی(ع) بعد از پیامبر(ص) و راه انداختن جنگ داخلی سرپوش بگذارد. به عبارت دیگر «رفع اتهام اثبات فضیلت نمی کند».